Με τον υπέρηχο ο γυναικολόγος είναι σε θέση να ελέγξει το μέγεθος, τη σύσταση και την μορφολογία των έσω γεννητικών οργάνων, εξετάζει δηλαδή τη μήτρα και τις ωοθήκες ενώ κάτω από φυσιολογικές συνθήκες οι σάλπιγγες δεν απεικονίζονται.

Ο έλεγχος της μήτρας είναι πολύ σημαντικός για την παρουσία διάφορων παθολογιών που εμφανίζονται όπως τα ινομυώματα, η αδενομύωση, η ενδομητρίωση, οι πολύποδες της μήτρας κ.ο.κ., με τον υπέρηχο διαγιγνώσκονται και προβλήματα που σχετίζονται με την ανατομία της μήτρας, η οποία ανάλογα την περίπτωση χαρακτηρίζεται δίκερος, δίδελφος, καρδιόσχημη. Η ύπαρξη τέτοιων ανωμαλιών δικαιολογεί πολλές φορές προβλήματα υπογονιμότητας.

Το γυναικολογικό υπερηχογράφημα πρέπει πάντα να εστιάζει στον έλεγχο του ενδομητρίου, δηλαδή του εσωτερικού στρώματος της κοιλότητας της μήτρας. Το πάχος του ενδομητρίου δίνει στον γυναικολόγο χρήσιμες πληροφορίες για τη φάση του κύκλου καθώς και για την ανταπόκριση του σε φαρμακευτικές αγωγές. Μετεμμηνοπαυσιακά οφείλει να παραμένει λεπτό <5mm. Επιπλέον εστιάζουμε σε πιθανές παθολογίες του ενδομητρίου, όπως η ύπαρξη πολυπόδων, ινομυωμάτων, διαφραγμάτων κ.ο.κ.

Πολύ σημαντική είναι η χρήση υπερήχου για τον έλεγχο των ωοθηκών. Ο γυναικολόγος είναι σε θέση να καταγράψει τον όγκο τους και να διακρίνει την παρουσία κύστεων, μορφωμάτων καλοήθων ή μη. Μάλιστα, με τη βοήθεια της τεχνολογίας και το DOPPLER μπορεί να μελετήσει την αγγείωση τέτοιων μορφωμάτων, παίζοντας σημαντικό ρόλο στη διαφοροδιάγνωση. Επίσης, μπορεί να εξετάσει τον αριθμό των ωοθυλακίων έπειτα από μια φαρμακευτική διέγερση των ωοθηκών (για λόγους υπογονιμότητας), καταστάσεις όπως το PCOS (σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών), πυελικές φλεγμονές με την παρουσία συλλογής ελεύθερου υγρού στο Δουγλάσσειο χώρο και την ύπαρξη τυχόν εξωμήτριας κύησης.

Οι σάλπιγγες απεικονίζονται μόνο σε παθολογικές καταστάσεις, όπως φλεγμονές ή παρουσία υγρού (υδροσάλπιγγα).